Der Unterschied hat primär etwas mit existierenden Aufzeichnungen zu tun. "Proto-XXX" bedeutet, dass wir für "XXX" eine hypothetische Ursprache benötigen, um die Verwandtschaft von "XXX" mit einer anderen Sprache zu belegen, ohne dass wir direkte Schriftzeugnisse dafür haben. "Alt-XXX" bedeutet, dass wir Zeugnisse einer älteren Form der Sprache haben.
Ein "Proto-" bedeutet, dass es sich um eine erschlossene Sprachform handelt, die wir aus der Übereinstimmung anderer, modernerer Sprachen ableiten könnten (wir nennen so etwas eine "Sternchen-Sprache", da die rekonstruierten Elemente mit Sternchen gekennzeichnet werden, um anzuzeigen, dass es rekonstruierte, nicht in Texten belegte Formen sind). Leider haben wir im vorliegenden Fall zu wenig Schriftzeugnisse, um das Problem auch nur annähernd ernsthaft diskutieren zu können.
Ein Bespiel aus dem realen Leben:
Das Englische können wir bis etwa ins Jahr 700 zurück verfolgen (wenn man eine kurze Inschrift einrechnet, auf etwa 480). Davor beginnen die erschlossenen Formen, die uns über das Westgermanische zum Germanischen und schließlich ins Indogermanische führen. Altenglisch (ca. 700 bis ca. 1100) ist keineswegs Proto-Englisch (da belegt), und dennoch unterscheidet es sich vom Neuenglischen so stark, dass moderne Sprecher des Englischen einen altenglischen Text nicht verstehen.
Rainer